В настоящее время в системе автоматизации образовательного процесса «Апекс-ВУЗ» функционируют 9 модулей.
Они позволяют автоматизировать образовательный процесс: составление учебных планов, проверка планов на соответствие стандартам ФГОС, разработка методических материалов,
работа с учебной нагрузкой, формирование портфолио, печать дипломов, составление расписания, прием абитуриентов, формирование электронной информационно-образовательной среды (ЭИОС).
Однако разработчики не останавливаются на достигнутом: постоянно выпускаются новые модули, система оптимизируется под специфику нового законодательства в области высшего образования, имеющийся функционал дорабатывается и расширяется.